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[分子生物]

蛋白研究系列专题7-磷酸化蛋白质组鉴定

梦见宾 发表于 2017-3-29 11:04  
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  接着上次的内容,今天,小编跟您聊聊磷酸化蛋白质组鉴定!
  蛋白质翻译后修饰(PTMs)几乎参与了细胞所有正常生命活动的过程,并发挥十分重要的调控作用。蛋白修饰已经成为国际上蛋白质组学分析的一个极其重要的领域,目前研究比较成熟的有磷酸化、乙酰化、糖基化、泛素化等。
  蛋白质磷酸化是生物体中最常见、最重要的一种蛋白质翻译后修饰方式,它可以通过激发、调节诸多信号通路进而参与调控生物体的生长、发育、逆境应激、疾病发生等多种生命过程,一直是生物学研究的重点与热点。根据客户需求,金开瑞蛋白质组平台可提供磷酸化蛋白质组全谱鉴定、label-free定量技术服务。
  磷酸化蛋白质组全谱鉴定以组织、细胞等较为复杂样本为研究对象,目的在于鉴定样品中发生磷酸化的蛋白质以及相应的磷酸化位点。首先对蛋白样本进行酶解,TiO2或IMAC-Fe或IMAC-Ti富集磷酸化多肽,5600-plus质谱检测,利用得到的质谱谱图与相应数据库搜索比较,从而得到肽段序列结果,同时通过生物信息软件计算出磷酸化位点。对于磷酸化位点鉴定,为了增加定位修饰位点的准确性,金开瑞采用较流行的Ascore算法对发生在各位点的磷酸化修饰做进一步打分评估,从而正确辨别真实修饰位点。
技术路线:

技术特点:
●富集方法特异性高,对低PH溶液、去垢剂、盐类、其它低分子污染物有更高的耐受性,容易与非磷酸化肽段分离;
●通量大,一次可以鉴定1000个以上磷酸化位点。
适用范围:
●已知物种基因组序列、ESTs序列或蛋白质序列全库;
●无其他特别要求。
经典案例:
题目:Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lungcancer metastasis using label-free quantitative analyses.(用Label-free定量技术鉴定肺癌转移相关的酪氨酸磷酸化蛋白)
期刊:Journal of proteome research
主要技术:Label-free定量技术
文章摘要:酪氨酸磷酸化(P-酪氨酸)蛋白可参与肺癌的侵袭和转移,但目前已被报道的数量还较少。本文采用Label-free定量技术进行大规模研究酪氨酸磷酸化蛋白及其参与转移过程的情况,共鉴定到来自276个磷酸化蛋白的335个P-Tyr位点。Label-free定量结果显示,有36个磷酸化肽在不同酪氨酸磷酸化蛋白侵袭能力的样品间呈现显著差异。从这些肽段中提取了两个新的位点保守序列和4个已知的特定激酶和磷酸化motif序列:EGFR, Src, JAK2和TC-PTP。通过对P-络氨酸蛋白的蛋白相互作用分析发现,有11个蛋白连接在包含EGFR, c-Src, c-Myc和STAT的互作网络中,该网络已被确认与肺癌转移相关。这11个蛋白中有7个之前未报道,这将提供一个更好的、全面的了解肺癌的侵袭/转移的机制及治疗方法。
                        


            图:新发现的三个motif展示                                            
Wu HY, Tseng VS et al. Identification oftyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis usinglabel-free quantitative analyses. Journal of proteome research                       
        
                  图: 表达量发生显著变化的酪氨酸磷酸化蛋白的网络互作图                     
Wu HY,Tseng VS et al. Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associatedwith lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses. Journal ofproteome research               
参考文献:Wu HY, Tseng VS, Chen LC, Chang HY, Chuang IC, Tsay YG, Liao PC: Identificationof tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasisusing label-free quantitative analyses. Journal of proteome research 2010, 9(8):4102-4112.

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